代谢网络通量和结构分析--硕士(2)

代谢网络通量和结构分析

夫连璎』：大学顼士学像论文

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生物体功能不仅涉及某个代谢物的单独作硝，丽是通过网状的交互｛乍稻究戒。因此，不仪臻对擎个代谢物深入研究，闻时随着数据海蛰增长，也必然需簧将大爨数据整合趣采进霉亍分辨，嚣要以系统款溉点磅究生物网络蛇缀织结搀。本文圈绕代谢网络佟了一鉴磷究工｛乍。主簧结聚麴下：

１．当前町以清楚的知道一些模式生物的代谢网络拓扑结构，然而其代谢通量分稚并不十分清晰，特别是对于基圈敲除后的代谢通量分布还需要深入研究。本文针辩不同鲍萄标函数，翱阁约束优化方法来计算代谢网络的代谢流分布，同时考察了不嗣的约束优他方法对代溅滚分毒的黪响。蓠先辊建犬爨枵菰中心碳ｔ≮谢网络，然蘑以代谢平赞分氍（Ｆ】ＵＸＢａｌａｎｃｅＡｎａｌｙｓｉｓ，ＦＢＡ）秘最小代溅调节势橱（ＭｉｎｉｍｉｚａｔｉｏｎＯｆ漱ｔａｂｏｌｉｅＡｄｊｕｓｔｍｅｎｔ．ＭＯＭＡ）这两种方法为基础，构建多个代谢流数学模型，以碳摩尔流率计算基满敲除稀的代谢流分布。终果裘明标准化后的ＭＯＫＡ，是比较台理的计算方法。

２．基元通照模式（ｅｌｅｍｅｎｔａｒｙｆｌｕｘｍｏｄｅ，ＥＦＭ）鼹以计量学为基础，通过枚举输入物裂达誉静产臻过程中的潞径来表示找谢避程，路径数硼对多少寝示生长艇力躺强弱。舞丽瓣予计量学藩踌瓣邂攫平衡分橱＜Ｆ戳≥莰定输入铭妻搴鬃，遥过实现最大｛毫蜡橡函数来计算摄多能够生成的生物质量．在预测生物体的生长现蒙上，ＥＦＭ和ＦＢＡ分别能够傲到定性预测和定蘸预溯．通过ＥＦＭ预测了基因突变盾的酵母细胞生长现象，模拟预测结果和实验结果很好吻合；通过与ＦＢＡ方法得到的模拟结果比较，ＥＦＭ方法能更好镌把蒸因突变鞠其表型（生长）联系怒漱．

３．赉于代滋逶爨并不帮转交水乎存在联系，在基元遴爨模式酌蒸嵇上计算路轻耋要性（ｃｏｎｔｒｏｌ—ｅｆｆｅｃｔｉｖｅｆｌｕｘｅｓ，ＣＥＦ），然后与转渌表达数据比较。褥ｉ４饯谢路径姆转蒙水平存在…定联系，通过馊用路径羹簧性把鹣能力与路径效率联繇起采。

网络的快速发展照示了细胞中也存在通用规则，它提供了一种全新的概念来使我们羹新谈谈生秘学。蓑键谲；代谢秘络代谢潞径分橱代谢平衡分橱