代谢网络通量和结构分析--硕士(20)

代谢网络通量和结构分析

大连理工大学硕士学位论文

（郫最小切割集：ＥＰＭ能用予计算襞小切割集【４，１，指在代谢网络中一个最小的反应予巢。该爱波子集的掰有反应失活后将会寻致该代谢网络中莱一个功能静失效。通过使用最小切割予集的方法，一系列潜在的废用都能够较容易她实现，包括网络证实、表型臻豢《、诤价撼款静灵嚣性、伐滋网络缝槐分橱和蕊镑靶点识剩等应鹰。

１．３．２极端路径

操蕊途经陋跚的概念与蒸元模式缀接近。Ｅ瓠集可｛三｝髑来糖述瓢奏可舒熬稳定状态通嚣分布。数学上，ＥＰｓ表现为凸分析的基向量，但在生理学上，ＥＰｓ并不包括所有具有生理学意义的独立路径。

ＥＰ作为ＥＦＭ的予集被认为是一种进步，出于组合复杂性，计舞ＥＦＭｓ的要求非常苛刻。ＥＰ代祷ＥＦＭ不仅减少了路径数摄，也适鹿于估计网络属性。但是ＥＰ也存在缺点，ＥＰ是ＥＦＭ弱予褰，为了满足系统独立整露撵豫捧一篓路经，菸孛一帮分是重要瓣路径，它可能丢失重鬻的独立路径，所以用ＥＰ找出优化路径和估计结构鲁棒性（冗余度），以及从ＥＰ路经疑度荦导§Ｉ信息是不太可靠魄。更重要的是当中止某个反应或者改变巢个反应方向，就需要重薪计算ＥＰ。因此ＥＰ不太适应路径分析。

Ｐｒｉｃｅｌ６１Ｊ等研究了细胞中代谢网络的热力学性质，根据交换通量，极端路径将被分成三糖类型。类型ｌ为舆毒交换淹量参与，显髭箨臻生成，这季中校臻魏径搐述了鼠底耱转化到产物或副产物的过程：类型ＩＩ为有交换通量参与，但仅仅是流通代谢物（如：ＡＴＰ，ＮＡＤＨ等），不能德环生成且消耗自由能，导致结果是巢些物质积聚，某些物履耗尽；类型ＩＩＩ为没有交换通擞，反应仅仅处于内部循环状态。

图１．３．２极端路径的三种分布

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由所划分的三种类型可以看出，根据热力学性质一定义的能量守恒定律，类型ＩＩ怒不辍稳定存在戆；摄撼煞力学性震二定义缝过程麴叁发缓取决于壤变纯，稳定凝态下，

类型ＩＩＩ也不存在的。在细胞稳定状态，宵用的仅仅是类型Ｉ。Ｗｉｂａｃｋ［６唑李研究了人类庇