mapmaker_3应用及辅助软件使用(2)

mapmaker_3应用及辅助软件使用

　　　　　　　　　　　南　京　林　业　大　学　学　报　　　　　　　　　　　　　　　第23卷　第3期计算的复杂性用手工是无法完成的,必须借助计算机才能对大量数据进行分析和处理。自20世纪70年代第一个“通用连锁分析软件”推出以后,与遗传连锁分析有关的软件数量迅猛增长。据因特网(In2ternet)上的站点—http://linkage.rockfeller.edu/soft/list.html———美国Rockfeller大学统计遗传实验室所提供的信息已达100多种,而且新的软件还在不断涌现。笔者对当前普遍用于遗传图谱构建和QTL定位的软件MAPMAKER3.0(forPC)[2]的功能、数据结构和基本操作命令与步骤作一介绍;同时把作者在应用时发现的该软件中存在一些不足之处指出来和同行一起讨论;介绍作者开发的用于遗传图谱构建中方便研究者建立符合MAPMAKER要求的分析数据文件,软件MDAC的主要特点。、和基于Internet的基因组信息检索等设想。

1　MAPMAKER3.01.1　组成和功能

MAPMA算机软件。它的0:

(1)MAPMAKER/EXP(3.0)

MAPMAKER/EXP是用于构建杂交试验中有分离的标记连锁遗传图谱的连锁分析软件。它可以处理BC1回交、F2和F3(自交)杂交及重组近交系中显性、隐性和共显性(如类RFLP)标记的多点连锁分析(根据原始数据自动估算所有的重组片段)。

(2)MAPMAKER/QTL(1.1)

MAPMAKER/QTL是MAPMAKER/EXP的伴侣,它可以将F2杂交和BC1回交中控制多基因数量性状的基因定位到相应的遗传连锁图谱上。

1.2　运行环境与安装

MAPMAKER有三种版本分别运行在SunSPARCStation、AppleMacintosh和PC机。对于国内用户来说,目前在科研中用得最多的还是PC版本。MAPMAKER3.0(forPC)对计算机的软硬件环境的基本要求是MS-DOS5.0以上版本;486DX(带有数学协处理器)、5MB扩展内存、20MB以上的硬盘自由空间。

MAPMAKER目前可以从Internet上免费下载:

ftp://ftp-genome.wi.mit.edu/distributions/software/mapmaker3

或http://www-genome.wi.mit.edu/genome-software

它包含两个用PKZIP压缩的自释放文件,分别为MAPM3PC1.EXE和MAPM3PC2.EXE。在DOS提示符下(如果使用的是WINDOWS操作系统,在启动WINDOWS之后进入MSDOS状态)键入:

A:MAPM3PC1-d(回车)

A:MAPM3PC2-d(

回车)

自动安装结束后在计算机硬盘上建立了MAPMAKER子目录,该子目录含有22个文件(略)和一个下一级子目录GSCRIPT。然后检查(修改)计算机系统配置文件CONFIG.SYS和批处理文件AU2TOEXEC.BAT。

在CONFIG.SYS中应含有:

DEVICE=C:\DOS\HIMEM.SYS或

DEVICE=C:\WINDOWS\HIMEM.SYS

DEVICE=C:\DOS\ANSI.SYS

BREAK=ON

在AUTOEXEC.BAT中需含有如:

PATH=C:\DOS;C:\WINDOWS;C:\MAPMAKER;C:\MAPMAKER\GSCRIPT;

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