mapmaker_3应用及辅助软件使用(3)

mapmaker_3应用及辅助软件使用

　1999年　总第81期　　　　　　　何祯祥等:遗传作图软件应用及辅助软件的研制

SETMAPM-LIB=C:\MAPMAKER

SETGS-LIB=C:\MAPMAKER\GSCRIPT

完成以上操作后重新启动计算机并进入DOS状态,需要运行MAPMAKER/EXP或MAPMAK2ER/QTL,则分别键入MAPMAKER或QTL即可。

1.3　数据结构

在MAPMAKER3.0软年包中,MAPMAKER/EXP和MAPMAKER/QTL共享一个以RAW为扩展名的原始数据文件,它必须是一个纯ASCII文本文件,其模式结构如图1。

文件的第一行为:datatypeXAC　　datatypeX3GG12G1n3X为下列数据类型之一:GG2n

　　f2intercross

　　f2　　f3　　riself

　　risiblocusm　Gm1Gm23trait1　T11T123trait2　T21T22　　……3traitp　Tp1Tp23GmnT1nT2nTpn

第二行包括3个参数:图1　MAPMAKER3.0要求的原始数据结构模式　　ABCFig.1　TherawdatastructureforMAPMAKER3.0这里A为子代的个数;B为遗传位点的个数;

)。C为数量性状的个数(可以为“0”

如果关于各遗传型由下列默认值来表示,则第二行3个参数后不需加载其它信息,否则需用“sym2bols”命令来加以特殊申明。这些默认值为:

F2回交数据:用“A”表示纯合子“;H”表示杂合子“;-”表示缺失数据。

F2杂交数据:用“A”表示这个位点来自亲本a纯合子;用“B”表示这个位点来自亲本b纯合子;用“H”表示携带a、b两个等位基因的纯合子;用“C”表示等位基因a的非纯合子;用“D”表示等位基因b的非纯合子“;-”表示缺失数据。

RI数据:用“A”表示亲本基因型a的纯合子“;B”表示亲本基因型b的纯合子“;-”表示缺失数据。第三行开始为遗传位点的数据。对每个位点,位点名称必须为英文字母、数字或“-”、“.”来表示,长度不能超过8个字符且第一个字符必须是字母;名称前冠一个“3”。名称后空若干个空格输入各遗传型代码,代码之间可以加或不加空格。

在遗传位点数据之后为数量性状数据,每个性状需要有一个名称,名称前也需冠一个“3”,名称后空若干个空格输入各数量性状值,每个数值之间至少空一格,缺乏数据同样用“-”表示。

1.4　MAPMAKER3.0基本操作命令与步骤

以下按通常操作步骤介绍MAPMAKER3.0基本操作命令。

(1)pd(或preparedata)。该命令对原始数据进行预处理,格式:pd(或preparedata)〈文件名.raw〉(2)photo。该命令将后面的操作及结果保存在一个文本文件中,使用格式:photo〈文件名.out〉(3)s(或sequence)。

i)该命令是指定那些位点参与连锁分析,使用格式:s(或sequence)〈locusllocus2……〉,如果所有的位点都参与连锁分析可使用命令:sall

ii)对某连锁群内的位点需要确定相对位置之前需使用该命令,使用格式:s(或sequence)〈

{locus1locus2……}〉

iii)某一连锁群内的各位点已确定最优顺序后进行作图前需使用该命令,使用格式:s(或se2quence)〈locus1locus2……〉

(4)group。该命令是对指定的位点通过两点分析来推测可能有的连锁群。默认的LOD值为3.00,

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