从聚丙烯酰胺凝胶中回收DNA的标准方法是压碎与浸泡法。它是将含待回收DNA条带的凝胶块切出,用吸头或接种针将其压碎,然后以洗脱缓冲液浸泡,使DNA洗脱出来。该法能很好回收小于1kb的单链或者双链DNA,且纯度很高,无酶抑制剂,也无对转染细胞或微注射细胞有毒的污染物,虽费时但操作简单,是小片段DNA回收的较好方法。依分子量不同,其回收率从小于30%至大于90%不等。如果将切下的聚丙烯酰胺凝胶块包埋于琼脂糖凝胶中,再进行DEAE纤维素膜插片法电泳或透析袋电泳洗脱,可以缩短双链DNA的回收时间。
三、基因组DNA分离纯化的方法学评价与质量保证
有关基因组DNA分离纯化的方法很多,每一种方法下又可衍生出许多具体的实验方案。对每一个具体的实验方案,大体上我们可以从方法的可行性与可靠性两个方面来加以考察。可行性方面包括方法是否简便、快速、安全及成本如何。可靠性则包括了方法的稳定性、重复性、特异性、产出比、最大产量及最小样品用量等。另一方面,由于酚具有高度的腐蚀性,需要采取特别的安全防护措施。
第三节 质粒DNA的提取与纯化
大多数质粒都是双链的共价闭合环状质粒(CCC plasmid)DNA,简称闭环质粒(closed circular plasmid,CC plasmid)。作为携带外源基因在细菌中扩增或表达的重要载体(vector),质粒在基因工程中应用十分广泛。有关质粒的提取与纯化是必须掌握的基本技术。
一、提取与纯化的方法
质粒DNA的提取与纯化的方法很多,经典的方法包括碱裂解法、煮沸裂解法、SDS裂解法等。这些方法主要由细菌的培养(质粒DNA的扩增)、细菌的裂解(质粒DNA的释放)及质粒DNA的分离与纯化等三个步骤组成。按制备量的不同,质粒DNA提取与纯化的方法可分为质粒DNA的小量(1ml~2ml)制备、质粒DNA的中量(20ml~50ml)制备及质粒DNA的大量(500ml)制备。