中有无RNA的干扰,亦可鉴定在RNA制品中有无DNA的污染。
3.完整性鉴定 常规使用凝胶电泳法。
(1)凝胶电泳法:以溴化乙锭为示踪染料的核酸凝胶电泳结果可用于判定核酸的完整性。基因组DNA的分子量很大,在电场中泳动很慢,如果有降解的小分子DNA片段,在电泳图上可以显著地表现出来。而完整的无降解或降解很少的总RNA电泳图,除具特征性的三条带外,三条带的荧光强度积分应为一特定的比值。沉降系数大的核酸条带,分子量大,电泳迁移率低,荧光强度积分高;反之,分子量小,电泳迁移率高,荧光强度积分低。一般28S(或23S)RNA的荧光强度约为18S(或16S)RNA的2倍,否则提示有RNA的降解。如果在加样槽附近有着色条带,则说明有DNA的污染。
(2)其它方法:必要时,还可以通过一些特殊的试验来分析RNA的完整性,如小规模的第一链cDNA合成反应、以放射性标记的寡脱氧胸苷酸oligo(dT)为探针的Northern杂交以及对已知大小的mRNA的Northern杂交。另外,随着毛细管电泳与生物芯片技术的飞速发展,有关核酸的分离、纯化、鉴定与回收的手段日益丰富。
(二)核酸的保存
核酸的结构与性质相对稳定,无需每次制备新鲜的核酸样品,且一次性制备的核酸样品往往可以满足多次实验研究的需要,因此有必要探讨核酸的贮存环境与条件。与分离纯化一样,DNA与RNA的保存条件也因性质不同而相异。
1.DNA的保存 对于DNA来讲,溶于TE缓冲液在-70℃可以储存数年。其中TE的pH值为8,可以减少DNA 的脱氨反应而pH低于7.0时DNA容易变性;EDTA作为二价金属离子的螯合剂,通过螯合Mg2+、Ca2+等二价金属离子以抑制DNA酶的活性;低温条件则有利于减少DNA分子的各种反应;双链DNA因结构上的特点而具有很大的惰性,常规4℃亦可保存较长时间;在DNA样品中加入少量氯仿,可以有效避免细菌与核酸的污染。
2.RNA的保存 RNA可溶于0.3mol/L的醋酸钠溶液或双蒸消毒水中,-70℃至-80℃保存。若以焦碳酸二乙酯(diethyl pyrocarbonate,DEPC)水溶解RNA或者在RNA溶液中加入RNA酶阻抑蛋白(RNasin)或氧钒核糖核苷复合物(vanadyl-ribonucleoside complex,VRC),则可通过抑制RNA酶对RNA的降解而延长保存时间。另外,RNA沉淀溶于70%的乙醇溶液或去离子的甲酰胺溶液中,可于-20℃长期保存。其中,甲酰胺溶液能避免