Primer Premier 5.0中文使用说明书(10)

Primer Premier 5.0中文使用说明书

单价离子浓度默认值为50 mM这项数值是指反应混合液中所有单价离子的总浓度

游离Mg2+离子浓度默认值为1.5 mM

这项数值是指反应混合液中充当辅基的Mg2+离子浓度

总Na+当量

这项数值是根据单价离子浓度和游离Mg2+

离子浓度计算得来

计算公式如下

方根

总Na+当量单价离子浓度4Sqrt游离Mg2+离子浓度1000这项数值用来计算引物的退火温度

自由能计算设置温度默认值为25 °C这项数值用来计算自由能G自由能计算公式为Sprt即取平

G=H

TS.

评分参数

Rating parameters

评分参数

窗口是用来设定二级结构在引物评分中的权重系数二

级结构越稳定

引物评分就会越低

相对于在引物中间形成的二级结构来说

3末端的二级结构对PCR扩增的影响会更大

为了将这一效应计算在内软件将

3末端的二级结构的自由能数值G减去1这一修正会使3末端的二级结构显得更加稳定这一修正值是根据未公开实验结果制定的您可以根据自己的需要来更改

G

如果没有检测到二级结构软件只标注是引物二级结构中最稳定的一个自由能数值

则该数值为0

序列比较

这一部分仅在Primer Premier的Windows版本中使用对于Macintosh系统序列比较是提交到网上完成并下载比较结果在Primer的教程中有关于这方面的完整信息

Align

序列比较窗口让您将已经打开的序列进行比较序列选择框显示所有将要比较的序列使用Add和Delete按钮可以增加一个序列或移除一个序列使用Options按钮可以打开序列比较的参数设置窗口

序列比较参数设置

您可以利用Alignment Parameters序列比较参数设置窗口来修正ClustalW法则用来优化比较结果的各项参数

序列比较可以用两种模式完成

一种准确但较慢

slow/accurate一种快速但较粗略fast/approximate选择不同的模式将会得到不同的结果

SLOW/ACCURATE模式的序列比较参数这些参数无法改变序列比较的运行速度它们被用来对序列比较评分然后换算为百分比数即最后显示的百分数并转化为进化树上的进化距离1Gap Open Penalty比较结果中一个空隙的罚分2Gap extension penalty比较结果中一个空隙每延长一碱基的罚分3Protein weight matrix这是描述氨基酸之间的相似性的评分标准4DNA weight matrix为核酸配对制定的评分标准包括IUB多义密码子值