Primer Premier 5.0中文使用说明书(9)

Primer Premier 5.0中文使用说明书

时朗读输入的序列再次按下该按钮可以停止键入朗读可选操作

Function > Speaker

编辑序列比较结果

当一项多序列比较完成后比较结果可以通过编辑来获得更准确的配对通常ClustalW法则能够给出一个准确的比较结果因而手工编辑并非必要

但对于个别情况或出于特殊要求

可能有这种需要所以本软件也提供这一功能将点击指针指向的碱基可以实施改动按下空

格键可以插入一个空隙按下Delete键则可以删除一个空隙

一旦比较结果被改动最大和最小同源性参数也会自动改变

粘贴序列窗口这一窗口使得一段核酸序列通过选择以四种不同的方式粘贴上去分别为正向

As is反向reversed互补

complemented以及反向互补reverse

complemented这样便于从其他程序中粘贴序列而无需考虑其序列保存的方向

参数设置

Preferences

参数设置窗口可以改变本软件所使用的多种默认参数

看及更改引物评分参数设定二级结构在引物评分中所占的权重系数也可以允许您查默认引物长度默认值为25

默认引物长度在Primer Premier

窗口使用即点即选功能时得到的引物长度

Primer Premier窗口启动时的初始默认值这项数值可以设定为1到70个碱基该项参数也是

引物对搜索最大值默认值为100在自动搜索引物时得到的结果数量可以很多

由于该软件按照引物评分来衡量引物效率

有些引物虽然合乎标准但评分较低可能没有全部列出的必要尽管我们设置了100对引物这一较大的数值您仍然可以改变该项参数为10到1000之间的任意值

核酸浓度默认值为250 pM

根据文献

7Freier

等

提供的计算公式这是没有自身配对时退火的寡聚核苷酸的总浓度

它即不是引物浓度也不是起始模板浓度而是PCR产物的浓度由于在PCR过程模板的浓度变化很大很难确定具体数值根据文献11的建议Rychlik等一般经验公式在普通PCR反应中将其当作250 pM

这项数值被用来计算引物的退火温度