Primer Premier 5.0中文使用说明书(16)

Primer Premier 5.0中文使用说明书

Edit Primer引物编辑窗口Edit Primer引物编辑

窗口可以用来设计用于定点突变的引物或分析一条已有引物序列在windows系统或Power Mac的Command-XCommand-C及Command-V

系统中您可以使用CTRL-XCTRL-C和CTRL-V快捷键来实施剪切拷贝和粘贴删除当前引物序列并从剪贴板上粘贴是分析一条已有引物的好方法

进行粘贴时

Paste

粘贴

窗口会激活用以将引物序列转化为反向互补或反向互补形式

您也可以手工键入引物序列一旦引物被编辑

发生变化Analyze按钮就可以使用点击Analyze按钮即可分析编辑后的引物您可以修改实际序列或是翻译后的氨基酸残基如果您修改氨基酸残基相应位置可能出现多义密码子

除了上述的引物性状和二级结构资料具体参阅PRIMER PREMIER

窗口的章节该窗口也提供了限制性酶分析功能

您可以通过点击

Enzyme

按钮通过手动或软件提供的筛选方案来选择一组限制性酶

您可以使用

Prime按钮来将引物移动到更合适的结合位点

认是否有其它比当前位点更稳定更适合的结合位点存在通常这项功能可以让您确其他信息如果您希望改变阅读框或使用其它密码子列表请关闭本窗口从主菜单上选择Function >GeneTank激活GeneTank

窗口再选择Translate > Change Parameters打开Select Codon Table窗口来改变阅读框或选择其它密码子列表然后重新打开本窗口可选操作

Function > Edit PrimerSearch Criteria搜索标准窗口以下是基本搜索标准的详细信息

根据PCR引物

测序引物或杂交探针的不同要求选择不同的搜索标准是很有必要的PRIMER PREMIER 会根据您的选择来调整自动搜索的标准某些用以优化引物扩增能力的

标准不一定也适合测序引物或杂交探针的设计这两者需要的是较高的退火温度因此当您选

择不同的搜索标准PRIMER PREMIER将对相关标准作出调整以适应不同的要求搜索公式中使用的具体参数请参看后面的Automatic Search Parameter自动搜索参数章节

Search Type

搜索类型框当前引物找寻合适的反向引物将指定您要搜索的是单个引物两条单独引物引物对或为默认设置下Search Range搜索范围是当前序列的全长默认PCR产物长度为100 bp到500 bp如果您是搜索单个引物该数值将不会起作用您也可以为搜索设定Primer Length引物长度您将会在下一章节了解该项设定的具体作用

最后您可以设定Search Mode搜索模式为自动或手动除非您有很特殊的要求或想完

全控制特定的搜索参数

建议您使用自动搜索利用PRIMER PREMIER找到多条引物再从中通过详细分析来挑选合适的使用可选操作

Function > Search