Primer Premier 5.0中文使用说明书(14)

Primer Premier 5.0中文使用说明书

z Primer引物设计

Primer功能板块包括了设计引物的搜索引擎软件包含了强大的自动搜索法则只需要简单的操作就可以得到合适的引物PRIMER PREMIER

也提供了人工控制搜索引擎的方法便于根据您的特殊要求制定标准输出的引物通过全面的即时分析工具计算出引物的多种参数和

二级结构关键参数如Tm值GC

含量和自由能G还能以图形显示还有另一个窗口来显示引物的比吸光度activity单位nmoles/OD和ug/OD及引物的分子量还可以将当前引物输入数据库打印或填写引物合成定购单为设计用于定点突变的引物该项功能板块也提供包括即使分析和限制性酶切位点分析的引物编辑工具您可以通过输入碱基或氨基酸残基来手动修改引物为分析多对反应引物如在复式及巢式PCR中使用function菜单下Multiplex/Nested选项您可以分析所有想用到的引物可以选择事先搜索的引物或手动添加引物软件提供将引物储存到数据库的功能也提供填写引物合成定购单的功能定购单上会自动填入引物序列和其他重要信息该项功能板块由以下部分组成Preferences参数设置窗口Primer Premier引物设计窗口Edit Primer引物编辑窗口Search Criteria搜索标准窗口Search Parameter搜索参数窗口Search Results搜索结果窗口Multiplex/Nested Primer复式及巢式PCR引物设计窗口Database引物数据库窗口Synthesis Order Form

生成引物合成订单Reports

结果报告Graphs图表Primer Premier引物设计窗口Primer Premier引物设计窗口是分析引物的关键该窗口包括以下功能即点即选Direct

Select引物性状列表和二级结构显示具体介绍如下Direct Select即点即选框

当您将鼠标指针移至该框中指针将变为铅笔型点击框中任何一处会产生一条起始位置最接近点选位置并与原序列互补的引物所有引物性状将即时更新引物5和3末端也会标记上以区分引物的扩增方向

如果点选一组序列比较结果引物序列将依据保守序列来确定这使得您很容易知道引物与某一特定序列有哪些错配位点

在序列比较中应用即点即选功能

在利用高保守序列区域设计引物时Primer Premier

会在引物窗口显示序列比较这样您很容易知道引物与每一特定序列有哪些错配位点点击序列任一地方将根据保守序列产生一条引物并加以分析引物也可以被编辑以便同某一特定序列匹配这些可以用来设计针对等位基因的引物通过View菜单选项可以切换显示多数倾向和少数分歧碱基Majority or Minority

Consensus切换到显示少数分歧碱基可以看出哪些核苷酸不能很好的与所有序列匹配